Для начала обсудим важный, но не для всех явный момент - логи полезны только в том случае, если с ними удобно работать. 

Поэтому логи не должны занять все свободное пространство на диске, т.е. в логи нужно помещать только нужную информацию, а не все подряд. Устаревшие логи должны удаляться. Для удаления устаревших логов лучше всего настроить задание на cron.

Логи должны быть удобными для изучения - логи с ошибками и логи с диагностическими данными должны помещаться в разные файлы. Желательно разделять логи на временные интервалы - например, ежедневные логи (наиболее распространенный вариант, но если уверены, что логов будет мало - можно выделять, например, по месяцам, или неделям).

Все логи нужно держать в одной папке, чтобы было удобней их изучать (/logs/, /_logs/, /local/logs/ и т.п. ). В целях защиты следует закрыть доступ к папке с логами по http — настраивается в .htacces, 

deny from all

и/или добавить к названию файла уникальный для проекта постфикс.

Папку для логов надо предварительно создать и убедиться, что битрикс (веб-сервер) имеет права на запись в нее.

В системе 1С-Битрикс существует 2 вида логов

AddMessage2Log(...)

Это функция из старого ядра. Многие модули пишут через нее отладочную информацию.

Пример настройки места хранения логов, выводимых данной функцией, выглядит так (не забывайте, что папка logs/bx должна быть создана):

define("LOG_FILENAME", $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . "/logs/bx/" . date("Y-m-d") . ".log");

Прописать данную настройку можно, например, в dbconn.php.

Секция exception_handling в файле .settings.php

Это уже функционал нового ядра.

Ядро через данный функционал пишет информацию обо всех ошибках и исключениях. Что именно пишется - зависит от настроек.

Пример настройки логов с разделением по дате:

'exception_handling' => array (
  'value' => array (
      'debug' => false, // disables error output to screen
       // ошибки для вывода в лог
      'handled_errors_types' => E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_STRICT & ~E_WARNING,
      'exception_errors_types' => E_ALL & ~E_NOTICE & ~E_WARNING & ~E_STRICT & ~E_COMPILE_WARNING,
      'ignore_silence' => true,
      'assertion_throws_exception' => true,
      'assertion_error_type' => 256,
      'log' => array (
          'settings' => array (
              'file' => "logs/bx_error/" . date("Y-m-d") . ".log",
			  'log_size' => 1000000, // ~ 1Mb per file
          ),
      ),
  ),
  'readonly' => true,
),

Функции отладки в ядре D7

На замену функции AddMessage2Log в ядре D7 пришли новые функции:

use Bitrix\Main\Diag\Debug;
Debug::dumpToFile($_SERVER); // для случаев, когда нужен var_dump
Debug::writeToFile($_SERVER); // когда нужен print_r

Также в ядре D7 появились методы, для измерения времени. В старом ядре аналогов не было.

use Bitrix\Main\Diag\Debug;
Debug::startTimeLabel("foo");
foo();
Debug::endTimeLabel("foo");

Debug::startTimeLabel("bar");
bar();
Debug::endTimeLabel("bar");

print_r(Debug::getTimeLabels());

Таким образом, корректная расстановка функций логирования и временных меток позволит обнаружить уязвимости в коде и уменьшить время отдачи сайта от сервера пользователю.