По большому счету, программное создание меню сводится к созданию своего массива с пунктами меню и объединения его с глобальным массивом меню в файле типа .тип_меню.menu_ext.php.

Итак, создаем файл .тип_меню.menu_ext.php для нашего типа меню и в нем пишем нечто такое:

$aMenuLinksExt = Array(
Array(
        "Новая страница 1", 
        "/test_menu/novaya_stranitsa_1.php", 
        Array(), 
        Array(// любые другие параметры, Которые потом доступны в ключе ['PARAMS'] в шаблоне компонента меню), 
        "" 
    ),
    Array(
        "Новая страница 2", 
        "/test_menu/novaya_stranitsa_2.php", 
        Array(), 
        Array(// любые другие параметры, Которые потом доступны в ключе ['PARAMS'] в шаблоне компонента меню), 
        "" 
    )
);

$aMenuLinks = array_merge($aMenuLinks,$aMenuLinksExt);

Таким вот образом можно добавлять в меню разные дополнительные пункты

В качестве частного случая, можно привести добавление в меню разделов инфоблока:

if(!defined("B_PROLOG_INCLUDED") || B_PROLOG_INCLUDED!==true)die(); 
  global $APPLICATION; 
  $aMenuLinksExt=$APPLICATION->IncludeComponent("bitrix:menu.sections", "", array( 
  "IS_SEF" => "Y", 
  "SEF_BASE_URL" => "/news/", //  - каталог инфоблока на сайте 
  "SECTION_PAGE_URL" => "#SECTION_ID#/", //  подставляем ID раздела 
  "DETAIL_PAGE_URL" => "#SECTION_ID#/#ELEMENT_ID#/", // - полный путь к элементу инфоблока 
  "IBLOCK_TYPE" => "news", // ID типа инфоблока 
  "IBLOCK_ID" => "1", //  ID инфоблока 
  "DEPTH_LEVEL" => "3", // уровень вложенности, этой цифрой можно выводить подразделы разделов если иерархия многоуровневая 
  "CACHE_TYPE" => "A", 
  "CACHE_TIME" => "36000000" 
  ), 
false 
); 
  $aMenuLinks = array_merge($aMenuLinksExt, $aMenuLinks); 

Не забывайте, чтобы код, описанный в файле .тип_меню.menu_ext.php отработал, нужно в компоненте меню включить его подключение .